Пётр I утвердил Андреевский флаг в качестве стяга русского флота в 1699 г.
С этого момента и до 1917 г. Андреевский флаг стал главным и единственным в Военно-Морском Флоте России. С весны 1918 г. подъем андреевского флага на кораблях Советской России был прекращен. 17 января 1992 г. правительство России приняло постановление о возвращении Андреевскому флагу статуса флага Военно-Морского Флота страны. Тем самым была отдана дань многолетним традициям русского флота. В тот год в День Военно-Морского Флота на всех боевых кораблях в последний раз были подняты флаги ВМФ СССР, после чего под звуки гимна СССР они были спущены. Вместо них под гимн Российской Федерации были подняты Андреевские флаги.